Quando as tropas de Gonzalo Jiménez de Quesada incendiaram o Templo do Sol em Sogamoso, viajaram para Mongua – que na língua Chibcha significa nascer do sol – em busca de mais ouro e assassinaram inúmeros indígenas. As comunidades franciscanas, em meados do século XVI, fundaram com os indígenas sobreviventes um novo povoado, que posteriormente passou para as mãos dos jesuítas e foi confiado a Francisco Salguero. Durante o século XVII era uma reserva indígena, e durante a época colonial foram novamente perseguidos pelos espanhóis até serem expulsos. Os habitantes de Mongua aderiram ao movimento comunitário de Socorro e San Gil em 1781, e em 3 de abril de 1799 a vila foi elevada a município.
A atual igreja de São Jerónimo, foi construída em pedra graças ao Padre José Lisandro Cely, em 1942.
O Museu Arqueológico, foi criado em 1965 com a descoberta de oito esculturas líticas que constituem a principal atração do museu e os utensílios complementares que correspondem ao povo Muisca estabelecido no que é hoje o municipio de Mongua. A sua importância arqueológica reside no facto de serem obras de arte muito representativas da cultura Muisca e por ser a segunda descoberta mais importante desta cultura na América do Sul. Em 2014 o Museu Arqueológico foi registrado no Instituto Colombiano de Antropologia e História (ICANH).
Os dos dois ex-votos dedicados à Virgem do Carmo, que originalmente se encontravam no antigo templo doutrinário do periodo colonial, foram levados para este museu.
O primeiro, Ex-voto Marcha desde Mongua para o Casanare, tem como figura personagem principal ajoelhado numa ponte de madeira, em atitude de oração, ele se veste com chapéu branco, camisa branca, calça cinza e use alpercatas, observe a Virgem Maria com Menino Jesus que está representado entre nuvens, vestidos Maria com túnica amarela e manto vermelho, com a mão direita segura um escapulário e com a esquerda apoia o Menino que o envolve num pano branco e ele também usa um escapulário, ambos os personagens com um halo resplandecente; debaixo da ponte encontra outro personagem de cabeça para baixo caído no água, veste camisa branca com calça acinzentada azulado, e sobre esse personagem na ponte de madeira pendurada, chapéu carriel e ruana, tudo sobre uma paisagem rochosa e folhagem no topo e um rio pedregoso no fundo; na parte inferior uma legenda que diz:
“Em 10 de maio de 1895, dirigindo-se em trilha, de Mongua ao Casanare, os Srs. Silvério e Pedro Neira. No ponto das “Barras” sofreu um desvanecimento ou transtorno forte o citado Siverio, e caiu daquela altitude até o rio Labransero e tendo invocado Nossa S. do Carmo, em sua imagem milagrosa que é especialmente venerada na igreja de Mongua, logo voltou ao seu estado normal, não tendo sofrido apenas ferimentos leves. Feito por Manuel Guativonza, no ano 1899.”
E o segundo, Ex-voto Doce, que na sua parte central, aparece um homem de camisa branca e chapéu, no chão preso por uma grande rocha, perto dele, dois homens ajoelhados um deles usam jaqueta e camisa brancas e calça cinza e usa chapéu cinza e alpercatas, o outro homem de costas para ele, usa camisa brancas e calça azul acinzentada, usa chapéu e calça alpercatas, os personagens em uma paisagem montanhosa e arborizada, a Virgem Maria aparece no canto superior direito entre nuvens, ele veste uma túnica azul e um manto vermelho que cobre a cabeça, carrega com a mão direita um escapulário no braço esquerdo sustenta a criança Jesus que veste uma túnica branca e com a mão esquerda segura a outra extremidade do escapulário, por trás deles um halo brilhante; na parte inferior tem um texto que diz:
“Em Mongua, em 8 de março de 1893. Enquanto Pablo Serrano estava no ponto denominado “Duce” desta vizinhança, com dois trabalhadores removendo cascalho ao pé de uma grande pedra; de repente isso veio sobre o mencionado Serrano, agarrando-o por baixo a maior parte do corpo, ato em que ele invocou a N.S. do Carmo para que o favoreceria, permanecendo assim por muito tempo até que os trabalhadores cavaram e o tiraram de debaixo dele sem nenhum dano, apenas parte da roupa rasgada pelo peso da pedra.”
