Também conhecido como o Santuário da Virgem do Topo . A devoção pela virgem María começou naquele lugar data do século XVIII, quando o padre José Osorio Nieto de Paz, que no seu testamento registrou “ter construído às suas próprias custas uma igreja e suas casas como convento e que doou com todo o mobiliário da igreja aos Padres Candelários (os recoletos de São Agustín)”. graça que recebeu da Virgem do Topo que o salvou de um naufrágio. A virgem é chamada do Topo (é uma imagem da Virgem das Angústias) porque a imagem leva um Topo nas suas roupas, a palavra Chibcha “tupu” representa um alfinete para prender o manto das mulheres indígenas.
Em 9 de setembro de 1861 sobre o confisco de bens de mãos mortas, argumentando que a Igreja havia concentrado muitos bens imóveis ao prometer aos moribundos o descanso eterno e, por sua vez, o capital que acumularam deixou o país para enriquecer corporações eclesiásticas estrangeiras. Depois, no dia 5 de novembro foi emitido um decreto declarando a extinção das comunidades religiosas que se opunham ao confisco. Todas estas ações provocaram o protesto do Papa e a excomunhão do Presidente Mosquera, este fato faz com que os Candelários devam sair do lugar e foram substituidos em 1880 pelas Irmãs Concepcionistas Franciscanas , que levaram a advocação da Virgem do Milagre para o Santuário.
Em 24 de agosto de 1628, no antigo convento das Concepcionistas na cidade de Tunja, numa pequena cela, havia um manto branco. Na madrugada o manto exalava um brilho incomum e a imagem da Virgem da Imaculada que refletia-se na água da chuva para as duas freiras que moravam na cela, foi reproduzido no manto. A imagem da Virgem do Milagre é uma Virgem da Imaculada Concepção com São José do lado esquerdo (de frente) e São Francisco do lado direito (de frente).
Então a partir do século XIX o Santuário focou principalmente na devoção pela Virgem do Milagre mesmo que ainda tinham pessoas que são devotas da Virgem do Topo. A virgem é a padroeira da Arquidiocese de Tunja e da Força Aérea Colombiana (FAC).
Em 1992, Monsenhor Augusto Trujillo abençoou a primeira pedra da Basílica Menor. A partir desse ano começaram a ser feitos pedidos ao Ministério da Cultura para ampliação do templo para que o actual Santuário, considerado monumento nacional, não seja afectado. Até hoje a obra para ampliar o templo continua na parte de tras da igreja.
