O templo foi construido entre 1657 e 1694 e era parte do convento das Águas. A iniciativa foi do padre Juan Cotrina que queria dedicar a igreja à congregação de São Felipe Neri em Bogotá, mas devido a diversas dificuldades foi entregue à Ordem dos Pregadores (Ordem Dominicana) em 1665 e, foi administrada por eles até 1802, quando o predio passou a ser hospital para virulentos. Posterioriormente o edificio se tornou hospital militar entre 1854 e 1860. Em 1861, se transformou em hospital civil, quando a Sociedade São Vicente de Paul comprou o lugar, logo de que o presidente Tomás Cipriano de Mosquera, expropiou os bens da igreja católica e decretou a Desamortização de Bens de Mãos Mortas. Uns anos depois, o hospital se convirtiu em orfanato da mesma Sociedade. No século XX, o templo passou a ser adminIstrado pelos padres diocesanos.
Em 1920 a fachada foi restaurada e recebeu algumas manutenções em 1964 e 1968. Em 1975 a igreja e o convento foram declarados monumento nacional através do Decreto 1584 de 11 de agosto. Em 2004 o Ministério da Cultura entregou as obras de restauro do templo. Em 2008 a igreja passou a ser administrada pelos Missionários Identes. Finalmente, em 2016, a igreja foi confiada à Fraternidade Sacerdotal dos Missionários de São Carlos Borromeu.
