O templo em forma de basílica foi projetado por Frei Domingo de Petrés (o mesmo que projetou as Catedrais Basílicas Metropolitanas de Bogotá e Santa Fé de Antioquia e a Catedral Facatativá), sua construção começou em 1805 e levou 111 anos para ser concluída, até que foi inaugurada e consagrada em 19 de novembro de 1916 pelo Arcebispo de Bogotá, Bernardo Herrera Restrepo. O setor histórico de Zipaquirá (incluindo a catedral) foi declarado Monumento Nacional da Colômbia pela resolução 002 de 12 de março de 1982.
